A maioria dos casos de gastroenterite infecciosa aguda é viral, sendo o norovírus a causa mais comum, seguido pelo rotavírus, adenovírus entérico e astrovírus. Bactérias como Staphylococcus aureus, Campylobacter jejuni, Shigella spp, Salmonella spp, Yersinia e Escherichia coli, além de parasitas como Giardia e Cryptosporidium, também podem causar gastroenterite.